5 10x Genomics单平台-标题图

目前,越来越多的基因组研究使用Illumina测序系统,但是受读长的限制,单独使用该测序系统无法满足组装、结构变异、多态性等研究。在此基础上,10x Genomics公司推出了GemCode平台,通过条形码信息将Illumina短序列再次连接,获得更有研究价值的长片段信息。近期,10X Genomics还推出了升级版的Chromium系统,在GemCode的基础上整合单细胞测序。每次实验可分析1000至10000个细胞,增加了检测稀有细胞的灵敏度和准确度。

小标题-技术原理-中
技术流程:

1.将样本分配到100,000s到1000,000s微反应体系,每个微反应体系含有一种特定的DNA序列标记。
2.含有barcode信息的凝胶珠子首先与样品和酶的混合物混合,然后与位于微流体“双十字”连接中的油表面活性剂溶液结合。
3.GEMs (包含样品、酶、凝胶珠子的混合物油滴)流到储液器中并进行收集。凝胶珠子溶解释放barcode序列,开始对样本进行标记。将每个液滴中含有barcode信息的产物混合。然后构建标准测序文库。

10x Genomics-技术流程-附图

小标题-应用方向-中

1.基因组组装:利用GemCode平台对长片段序列进行扩增引入barcode序列以及测序接头引物,然后将序列打断成适合测序大小的片段进行测序,通过barcode序列信息将多个Reads进行组装,获得跨度在30-100Kb的linked-reads信息,从而获得大片段的遗传信息。

优势:
通过该技术构建的文库可与Illumina测序系统完美匹配,将短Reads组装成长达100Kb的片段;
结合该技术后组装效果较单独使用Illumina数据最高可提升十几倍;
精度高、成本低,操作难度小。

空白

2.单细胞转录组测序:基于10x Genomics最新Chromium?系统利用油包水的微反应体系,通过序列标签区别群体中的不同细胞,获得单细胞水平的数字化基因表达谱,可实现数千甚至数万个单细胞群体分析,解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足,为单细胞研究开拓新的思路。

优势:
超高通量:单个样本细胞检测数最高可达1000-10000;
项目周期短:一天内即完成从细胞悬液到cDNA文库构建所有的测序准备工作;
细胞捕获效率高:单个细胞捕获效率高达65%,可准确鉴别稀有细胞类型;
真正的单细胞测序:通过油滴-barcode-单细胞的对应关系,实现真正意义上的单细胞测序;
测序平台兼容度广:与Illumina各种型号的平台高度兼容。